Accueil > Français > Moyens techniques > Plate-formes d’analyse > Laboratoires de microbiologie

Analyses

par cdieulin - publié le , mis à jour le

Laboratoire de microbiologie de la Maison des Sciences de l’Eau

• Extraction d’acides nucléiques à partir d’environnements complexes (eaux, sédiments, biofilms) pour la caractérisation des communautés microbiennes (procaryotes, eucaryotes) par des approches de séquençage haut débit (diversité taxonomique) ou des approches classiques de clonage-séquençage (analyse de gènes fonctionnels).
• Réalisation d’empreintes génétiques avec la méthode ARISA (Automated Ribosomal Intergenic Spacer Analysis) couplée à l’utilisation d’un BioAnalyzer.
• Analyse par FISH (Fluorescent In Situ Hybridization) et CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition Fluorescent In Situ Hybridization) pour la détection de la quantification de groupes bactériens spécifiques (Thiomonas spp., Acidithiobacillus spp.…) dans des échantillons complexes.
• Isolement de micro-organismes spécifiques d’environnements extrêmes et l’étude de leur capacité à bio-transformer des métalloïdes.

Laboratoire de Bactériologie de l’UFR Pharmacie

• Niveau de confinement P2
Diversité et génétique des populations de pathogènes : MLST (typage par séquençage multilocus, PFGE (Electrophorèse en champ pulsé), rep-PCR …
Détermination des abondances : NPP par PCR et culture
Phylogénie et taxonomie bactérienne : reconstruction de phylogénie, détermination de caractères taxonomiques génomiques et phénotypiques
Adaptation et pathogénèse des bactéries : études de fitness in vitro, étude de la formation de biofilm, caractérisation de la mobilité bactérienne, étude du quorum sensing, tests de pathogénèse en modèles Caenorhabditis elegans et cellulaire, recherche de gènes d’intérêt par PCR, …
• Analyse de communautés par PCR-TTGE
Etude de la résistance : cultures sur milieux sélectifs, antibiogrammes, biocidogrammes, détermination de CMI et de CMI de communauté, détermination des cinétiques de bactéricidie, recherche des intégrons et des éléments mobiles
• contrôles microbiologiques : contrôle de stérilité, contrôle de charge bactérienne, contrôle d’efficacité de conservateurs et des produits antimicrobiens, analyses microbiologiques de potabilité de l’eau
• Collection de plus de 6000 micro-organismes environnementaux et humains, collections de communautés microbiennes environnementales et humaines (échantillons + ADN)