« La résistance aux carbapénèmes : du gène à la communauté dans les eaux de Montpellier, une métropole méditerranéenne », sous la direction de Patricia LICZNAR-FAJARDO et Estelle JUMAS-BILAK.
La soutenance se déroulera le mercredi 4 février à partir de 14h.
En présentiel : Faculté de Pharmacie, 15 Av. Charles Flahault, 34090 Montpellier en salle des actes
En visioconférence : https://umontpellier-fr.zoom.us/j/94572729784?pwd=e895b22WBGQETzFb2N0nZUytkT6SKn.1
Résumé de la thèse
L’antibiorésistance menace la santé publique mondiale. Parmi les résistances les plus préoccupantes, celles associées aux carbapénèmes, antibiotiques de dernier recours en clinique, sont considérées comme émergentes en France. La dynamique environnementale de ces résistances reste encore largement méconnue. Cette thèse explore, à l’échelle du territoire de la métropole de Montpellier, la contribution d’un hydrosystème dans la dynamique de la résistance aux carbapénèmes.
L’exploration environnementale de la résistance aux carbapénèmes a été réalisée dans quatre compartiments hydriques contrastés : deux eaux douces (la source du Lez, principale ressource en eaux potables de la métropole, et le Verdanson, un cours d’eau urbain) et deux eaux usées (municipales et hospitalières). Le recouvrement important des communautés mais aussi la résistance aux carbapénèmes détectée dans toutes les eaux, y compris celles soumises à peu de pressions anthropogéniques et la présence récurrente de taxons potentiellement navettes entre l’environnement et population humaine suggèrent l’existence d’un cycle environnemental de la résistance aux carbapénèmes malgré son haut niveau d’hygiène collective au sein du territoire étudié.
Par ailleurs, la surveillance de l’antibiorésistance dans les eaux usées hospitalières de gènes de résistance émergents (vanA, blaOXA-48, blaNDM et blaKPC) par qPCR et dPCR s’est révélée faisable en conditions réelles, et cohérente avec l’épidémiologie clinique connue pour blaNDM. Toutefois, la détection constante à bas bruit de vanA, et forte abondance des gènes blaOXA-48 et blaKPC dans les eaux usées hospitalières, sans corrélation avec le portage connu chez les patients, révèle un décalage entre circulation clinique et environnementale. De même, les espèces cultivables productrices de carbapénèmases dans les effluents (principalement Citrobacter spp.) ne correspondent pas à celles retrouvées majoritairement retrouvées chez les patients, renforçant l’hypothèse d’une dynamique de la résistance aux carbapénèmes propre aux réseaux d’eaux usées. Les isolats du genre Citrobacter, identifié comme navette potentielle de la résistance aux carbapénèmes, portent fréquemment des gènes de carbapénémase dont blaKPC dans les divers compartiments hydriques de l’étude. La présence de gènes de carbapénémase sur des plasmides conjugatifs mobilisables et le succès de transfert réalisé in vitro confirme cette transférabilité et le rôle de navette de gène de carbapénémase joué par Citrobacter dans l’environnement aquatique.
En conclusion, cette thèse souligne l’intérêt d’intégrer l’environnement hydrique dans les stratégies d’étude et de surveillance territoriale de l’AMR en vue d’évaluer le risque infectieux et épidémique mais aussi de préparer des mesures de contrôle efficaces de l’AMR dans l’environnement.
Mots-clés : antibiorésistance, carbapénèmases, hydrosystèmes, hôpital, communautés bactériennes, bactéries à Gram négatif, Citrobacter, cycle environnemental, surveillance
Le jury sera composé de :
Brigitte LAMY, Professeur des Universités, Praticien hospitalier, Université Sorbonne Paris-Nord, Rapporteure
Xavier BELLANGER, Maître de conférences des Universités (HDR), Université de Lorraine, Rapporteur
Hélène FENET, Professeur des Universités, Université de Montpellier, Examinatrice
Benoît COURNOYER, Directeur de recherche, CNRS, Examinateur
Didier HOCQUET, Professeur des Universités, Praticien hospitalier, Université de Franche-Comté, Examinateur
Patricia LICZNAR-FAJARDO, Maître de conférences des Universités, Université de Montpellier, Directrice de thèse
Estelle JUMAS-BILAK, Professeur des Universités, Praticien hospitalier, Université de Montpellier , Co-directrice de thèse
