Technical means

A HSM :

  •  5 plateaux techniques et laboratoires
  • 4 logiciels
  • 3 bases de données
  • 1 pôle terrain
Plateaux Techniques
Logiciels
Bases de Données
Pole Terrain

Plateaux Techniques

Laboratoire de pétrophysique

Référent scientifique : Pascal Brunet

Le laboratoire de pétrophysique  comprend un appareil de type Poroperm qui permet de mesurer la porosité et la taille de grains d’échantillons de roches.

Pour les traçages artificiels le laboratoire dispose de 6 fluorimétres de terrain type GGun, dont un adapté au suivi de la matière organique, traceur naturel d’intérêt dans les aquifères.

Plateau technique ABIHS

Le plateau technique d’Analyses Biogéochimiques et Isotopiques regroupe les équipements qui permettent de caractériser les Hydro-Systèmes en termes de composition chimique, isotopique et de communautés microbiennes. Ce plateau s’appuie sur des infrastructures permettant la préparation des échantillons environnementaux et biologiques (dilutions, évaporations, minéralisations, séparations isotopiques, extraction d’ADN et d’ARN.) et sur des équipements analytiques de pointe (ICP-MS, IRMS, HPLC…).

Ce plateau technique est composé de 6 poles avec leurs équipements propres :
– Salles Propres et Préparation des Echantillons (responsable technique : M. Marie ; responsable scientifique : E. Resongles)
– Géochimie Elémentaire, Isotopique et Spéciation (responsable technique : R. Freydier ; responsable scientifique : C. Casiot)
– Isotopes Stables C, H, O, N, S (responsable technique : N. Patris ; responsable scientifique : J.D. Taupin)
– Hydrochimie ( responsable technique : S. Delpoux ; responsable scientifique : C. Montigny)
– Microbiologie Environnementale (responsable technique : A. Desoeuvre ; responsable scientifique : O. Bruneel, M. Hery)
– Prélèvements, Stockage et Archivages Echantillons (responsable technique : A. Domeau ; responsable scientifique : C Guilhe-Batiot)

L’intérêt de ce regroupement d’équipements, au-delà d’apporter des informations complémentaires sur la caractérisation biogéochimique et isotopique des Hydro-Systèmes (eaux, sédiments, sols, micro-organismes…), est de favoriser les échanges entre les personnels techniques et les chercheurs impliqués dans l’analyse en géosciences et en microbiologie. Il s’agit également de proposer une animation scientifique à HSM autour des outils de caractérisation géochimique et microbiologique des Hydro-systèmes en lien avec les projets de recherche développés autour de la ressource en eau et du cycle biogéochimiques des contaminants métalliques dans les milieux anthropisés (ports, mines…).

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Plateau Mi2H

 

Microbiologie Humain et Hydrique

Responsable technique : Fabien AUJOULAT (AI, UM)

Référentes Scientifiques : Estelle JUMAS-BILAK (MCU-PH, UM) et Patricia LICZNAR FAJARDO (MCU, UM)

Mi2H est un plateau de microbiologie dans l’UMR5151 HydroSciences Montpellier. Il est situé à l’UFR de Pharmacie, 15Av Charles Flahault, 34000 Montpellier. Il réalise des analyses de microbiologie culturale, génétique ou génomique ainsi que des approches de caractérisation de de la sensibilité ou de la résistance aux agents ou process antimicrobiens. En plus de la mise en œuvre technique de ces analyses, Mi2H est expert dans le domaine de la microbiologie environnementale, particulièrement hydrique, dans les environnements de soins, les environnements anthropisés ou artificialisés et les bâtiments ainsi que de la résistance aux antibiotiques et la détection des pathogènes humains dans l’environnement.

L’expertise et les compétences techniques du personnel du laboratoire concernent :

  •  l’étude de la diversité génétique et génomique des populations de pathogènes : MLST (typage par séquençage multilocus), PFGE (Electrophorèse en champ pulsé), multiplex rep-PCR, analyses de génomique comparative …
  • la détermination des abondances : NPP par PCR et culture, qPCR 16S
  • la phylogénie et taxonomie bactérienne : reconstruction de phylogénies, détermination de caractères taxonomiques génomiques et phénotypiques
  • l’adaptation et pathogénèse des bactéries : études de fitness in vitro, étude de la formation de biofilm, caractérisation de la mobilité bactérienne, étude du quorum sensing, tests de pathogénèse en modèles Caenorhabditis elegans et cellulaire, recherche de gènes d’intérêt par PCR…
  • l’analyse de communautés humaines et environnementales par PCR-TTGE et culturomique
  • l’étude de la résistance : cultures sur milieux sélectifs, antibiogrammes, biocidogrammes, détermination de CMI et de CMI de communauté, détermination des cinétiques de bactéricidie, recherche des intégrons et des éléments mobiles
  • les contrôles microbiologiques : contrôle de stérilité, contrôle de charge bactérienne, contrôle d’efficacité de conservateurs et des produits antimicrobiens, analyses microbiologiques de potabilité de l’eau (non accrédité)
  • les analyses d’épidémiologie environnementale

 

Parc analytique, technique et biologique :

  • Niveau de confinement P2
  • Autoclave
  • Automate préparateur de milieux de culture
  • Thermocycleurs (Biometra®, TC-312®, Mastercycler®)
  • Cuves Electrophorèse horizontale, gradient dénaturant (D-code®), en champ pulsé (CHEF DR®)
  • Plaque UV, système de prise de vue
  • Postes de Sécurité Microbiologiques (PSM)
  • Etuves, agitateurs, incubateurs
  • Centrifugeuses
  • Congélateurs -80°C
  • Ensemenceur spiral Interscience®, inoculateur automatique Mic-2000®
  • Microscopes (optique, à fluorescence, inversé), loupes
  • Spectrophotomètre (UV (Biophotometer®), visible)
  • Collection de plus de 14000 micro-organismes environnementaux et humains, collections de plus de 3000 communautés microbiennes environnementales et humaines (communautés cultivables + ADN)
  • Paillasse bioinformatique d’analyse des génomes bactérien

Offre de prestations :

  • Contrôle microbiologique de produits non stériles
  • Analyse génétique (typage moléculaire par multiplex rep-PCR ou recherche de gènes)
  • Typage moléculaire par macro-restriction et électrophorèse en champ pulsé
  • Contrôle microbiologique de l’environnement (dénombrement et recherche de germes spécifiques)
  • Antibiogrammes, détermination de CMI et CMB, screening d’activités antibactériennes
  • Extraction ARN viral eaux usées + quantification dPCR SARS-CoV-2 (2 gènes)
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Plateau Technique ContEm (Contaminants Emergents)

Le plateau ContEm fait partie de l’équipe Contaminants Emergents (Resp Scientifique E. Gomez, responsable Technique D. Rosain). Le plateau ContEm a l’expérience de la mesure de contaminants à l’état de trace dans des matrices complexes.

Préparation des échantillons et mesure de contaminants émergents dans des matrices complexes

  • Les matrices collectées sont des matrices environnementales (eaux, sédiments, sols) ou des matrices biologiques (tissus ou des fluides biologiques).
  • Nous apportons notre expérience pour développer des méthodes de préparation des échantillons (broyage, extraction solide-liquide ou liquide-liquide, purification sur phase solide…) adaptées aux composés à doser.
  • La quantification est réalisée par HPLC-UV ou fluorimétrie, chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse haute résolution (LC-Exactive) ou par chromatographie gazeuse couplée à la spectrométrie de masse en tandem (GC-TSQ) en fonction des propriétés physico-chimiques des composés à quantifier et de leur concentration dans les matrices environnementales.
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PONTEM

Responsables : Elena Gomez
Frédérique Courant

Le plateau PONTEM fait partie des quatre plateaux de la plateforme MAMMA (Montpellier Alliance for Metabolomics and Metabolite Analysis) offrant un accès à des technologies analytiques de pointe pour l’étude du métabolisme. Le plateau PONTEM vous accompagne dans l’intégralité de la mise en œuvre de l’approche métabolomique (du design d’expérience à l’interprétation des données). Nos thématiques se situent principalement dans l’étude des organismes du milieu aquatique et de leur réponse aux pressions anthropiques. Nous pouvons toutefois facilement adapter notre approche à d’autres questions de recherche qui nécessite l’utilisation de la métabolomique.

Préparation des échantillons et mesure

  • L’interprétation des données issues d’une analyse métabolomique non ciblée dépend de la qualité et de la quantité des données générées. Nous sommes à votre disposition pour discuter en amont du design d’expérience (nombre d’échantillons, collecte, conservation, …) à mettre en œuvre pour répondre au mieux à vos questions de recherche.
  • Les matrices biologiques collectées peuvent être des tissus ou des fluides biologiques. La préparation des échantillons est la moins spécifique possible afin de se donner les chances de voir le maximum de métabolites sans a priori. Elle est toutefois orientée vers la mesures de composés polaires à semi-polaires.
  • La prise d’empreinte est réalisée par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse haute résolution (LC-q-Exactive). Des expériences additionnelles en MS/MS peuvent être envisagées pour une confirmation de l’identité des marqueurs.

Logiciels

SW2D

SW2D (pour Shallow Water 2D) est une plateforme logicielle dédiée à la simulation des écoulements à surface libre. Il intègre de façon modulaire plusieurs modèles d’écoulement (modèles à porosité) pour la simulation à grande échelle des inondations en milieu naturel et urbain. Il prend également en compte des processus tels que les précipitations, l’infiltration, ou l’influence du vent. Développé intégralement par HSM entre 2003 et 2019, il fait depuis 2019 l’objet d’une action de développement commune avec l’Inria. Le résultat de ce développement, appelé SW2D-Lemon, fait l’objet d’une release en 2021 sous trois formats de licence : licence éducation, licence recherche, licence industrielle.

Site web: https://sw2d.inria.fr/ 

 

ATHYS

L’ATelier HYdrologique Spatialisé, ATHYS, a pour objectif de réunir dans un environnement convivial et homogène un ensemble de modèles hydrologiques associés à des traitements de données hydro-climatiques et géographiques. Il a été développé à l’IRD pour des applications diverses : gestion de la ressource en eau, prévision des événements extrêmes, études d’impact liées à des modifications anthropiques ou climatiques.

ATHYS est constitué de 4 modules :

  • MERCEDES : plate-forme de modélisation spatialisée
  • VISHYR : traitement des données hydro-climatiques stationnelles
  • VICAIR : traitement des données géographiques spatialisées
  • SPATIAL : plate-forme d’interpolation spatiale
Contacts :

Christophe Bouvier : christophe.bouvier@umontpellier.fr
Anne Crespy : anne.crespy@umontpellier.fr                                                                                                                                                                       Nanée Chahinian: nanee.chahinian@ird.fr

Téléchargement ATHYS ici

 

KARSTMOD

Plateforme de modélisation globale pluie-niveau-débit développée dans un cadre collaboratif par le SNO KARST.

Cette plateforme de modélisation adaptée au bassin karstique fournit un ensemble de fonctionnalités permettant d’apprécier la dynamique des compartiments considérés dans le modèle, ainsi que la pertinence du résultat de la modélisation.

En Savoir plus ICI

Contacts HSM :

Vincent Guinot, Hervé Jourde

Bases de Données

SIEREM

Le laboratoire HydroSciences Montpellier (HSM) a développé un système d’informations (SIEREM) sur l’en­semble de l’Afrique qui contient plusieurs types de variables environnementales. Il s’agit du plus important Système d’Informations Environnementales du continent africain avec 13000 stations de mesures, 33000 sé­ries chronologiques soit plus de 117 millions d’enregistrements, pour la période 1837 à 2015. Les données hydro-climatologiques sont couplées avec des données spatialisées : 201 contours de bassins versants, 2962 fleuves et rivières. La récupération des archives hydrologiques a permis d’enrichir SIEREM. Plus de 1342 pho­tos ont été rassemblées dans 391 albums géo référencés. Le site SIEREM permet l’accès libre à toutes ces in­formations à l’exception des données brutes de mesure qui sont la propriété des services nationaux africains.

POUR PLUS D’INFORMATION : Accéder au site SIEREM

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ADHI : African Database of Hydrometric Indices

Cette base de données contient différents indices hydrométriques, décrivant les caractéristiques du ruissellement, la saisonnalité, les crues et les étiages, pour environ 1500 rivières dans toutes les régions d’Afrique entre 1950 et 2018. (2020-08-10)

 

60 ans de pluies mensuelles en Afrique – Période 1940-1999

 HydroSciences Montpellier a hérité du laboratoire d’hydrologie de l’IRD, d’une très importante base de données hydroclimatiques sur l’Afrique de l’Ouest et Centrale. Différents programmes de recherche ont permis aux hydrologues d’HSM d’enrichir cette base sur la période post 1980 et sur la totalité du continent africain. Un long travail de critique a permis de constituer une base de données de référence des pluies d’Afrique au pas de temps mensuel. En raison de données trop rares et trop hétérogènes sur le début du XXème siècle, les grilles ont été calculées de 1940 à 1999 (720 mois).

 

Nous proposons ci-dessous en téléchargement gratuit les grilles (un fichier par décennie, 120 grilles par fichier) calculées à partir des données observées aux stations. La méthode est l’Inverse Distance Pondérée, le pas de temps est mensuel et l’échelle spatiale est le demi-degré carré.
Un fichier .pdf à l’intérieur de chaque fichier .zip détaille le mode opératoire de la confection des grilles et la description du fichier.

Au format ASCIIGrid par décennie :

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Le téléchargement de ces données est gratuit, nous vous demandons toutefois de citer en référence l’article :
Dieulin C., Mahé G., Paturel J-E., Ejjiyar S., Tramblay Y., Rouché N., El Mansouri B. (2019). A new 60-year 1940/1999 monthly-gridded rainfall data set for Africa. Water 2019,11(2),387 ; doi:10.3390/w11020387

Au format NetCDF avec un fichier .pdf détaillant les métadonnées du fichier.

 

Pole Terrain

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