Microbiologie Humain et Hydrique
Responsable technique : Fabien AUJOULAT (AI, UM)
Référentes Scientifiques : Estelle JUMAS-BILAK (MCU-PH, UM) et Patricia LICZNAR FAJARDO (MCU, UM)
Mi2H est un plateau de microbiologie dans l’UMR5151 HydroSciences Montpellier. Il est situé à l’UFR de Pharmacie, 15Av Charles Flahault, 34000 Montpellier. Il réalise des analyses de microbiologie culturale, génétique ou génomique ainsi que des approches de caractérisation de de la sensibilité ou de la résistance aux agents ou process antimicrobiens. En plus de la mise en œuvre technique de ces analyses, Mi2H est expert dans le domaine de la microbiologie environnementale, particulièrement hydrique, dans les environnements de soins, les environnements anthropisés ou artificialisés et les bâtiments ainsi que de la résistance aux antibiotiques et la détection des pathogènes humains dans l’environnement.
L’expertise et les compétences techniques du personnel du laboratoire concernent :
- l’étude de la diversité génétique et génomique des populations de pathogènes : MLST (typage par séquençage multilocus), PFGE (Electrophorèse en champ pulsé), multiplex rep-PCR, analyses de génomique comparative …
- la détermination des abondances : NPP par PCR et culture, qPCR 16S
- la phylogénie et taxonomie bactérienne : reconstruction de phylogénies, détermination de caractères taxonomiques génomiques et phénotypiques
- l’adaptation et pathogénèse des bactéries : études de fitness in vitro, étude de la formation de biofilm, caractérisation de la mobilité bactérienne, étude du quorum sensing, tests de pathogénèse en modèles Caenorhabditis elegans et cellulaire, recherche de gènes d’intérêt par PCR…
- l’analyse de communautés humaines et environnementales par PCR-TTGE et culturomique
- l’étude de la résistance : cultures sur milieux sélectifs, antibiogrammes, biocidogrammes, détermination de CMI et de CMI de communauté, détermination des cinétiques de bactéricidie, recherche des intégrons et des éléments mobiles
- les contrôles microbiologiques : contrôle de stérilité, contrôle de charge bactérienne, contrôle d’efficacité de conservateurs et des produits antimicrobiens, analyses microbiologiques de potabilité de l’eau (non accrédité)
- les analyses d’épidémiologie environnementale
Parc analytique, technique et biologique :
- Niveau de confinement P2
- Autoclave
- Automate préparateur de milieux de culture
- Thermocycleurs (Biometra®, TC-312®, Mastercycler®)
- Cuves Electrophorèse horizontale, gradient dénaturant (D-code®), en champ pulsé (CHEF DR®)
- Plaque UV, système de prise de vue
- Postes de Sécurité Microbiologiques (PSM)
- Etuves, agitateurs, incubateurs
- Centrifugeuses
- Congélateurs -80°C
- Ensemenceur spiral Interscience®, inoculateur automatique Mic-2000®
- Microscopes (optique, à fluorescence, inversé), loupes
- Spectrophotomètre (UV (Biophotometer®), visible)
- Collection de plus de 14000 micro-organismes environnementaux et humains, collections de plus de 3000 communautés microbiennes environnementales et humaines (communautés cultivables + ADN)
- Paillasse bioinformatique d’analyse des génomes bactériens
Offre de prestations :
- Contrôle microbiologique de produits non stériles
- Analyse génétique (typage moléculaire par multiplex rep-PCR ou recherche de gènes)
- Typage moléculaire par macro-restriction et électrophorèse en champ pulsé
- Contrôle microbiologique de l’environnement (dénombrement et recherche de germes spécifiques)
- Antibiogrammes, détermination de CMI et CMB, screening d’activités antibactériennes
- Extraction ARN viral eaux usées + quantification dPCR SARS-CoV-2 (2 gènes)
